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Read water-quality CSV (robust parsing)

Source: R/io_clean.R
read_wq.Rd

Le um CSV com delimitador virgula ou ponto-e-virgula e virgula ou ponto como separador decimal, ignorando sufixos de unidade (ex.: "0,04 mg/L"). Le tudo como texto primeiro, normaliza nomes, e faz parse robusto de colunas numericas. Ajusta pH evidentemente fora de faixa (ex.: 72 -> 7.2). Opcionalmente normaliza coordenadas geograficas se vierem em graus * 1e7.

Usage

read_wq(
  path,
  tz = "America/Bahia",
  normalize_coords = TRUE,
  nd_policy = c("ld2", "ld", "zero", "na")
)

Arguments

path

Caminho para o arquivo CSV.

tz

Fuso horario para datas (mantido por compatibilidade; datas sao Date).

normalize_coords

Logico; se TRUE (padrao) aplica fix_coords() em lat/lon.

nd_policy

Politica para valores censurados (ND/<LD/<LOQ). Opcoes: "ld2" (metade do limite, padrao), "ld" (limite), "zero" (0), "na" (NA_real_).

Value

Um tibble com:

  • nomes de colunas normalizados (minusculas, espacos -> _, sem nao-alfanum);

  • colunas numericas parseadas ignorando strings de unidade;

  • data parseada para Date (tenta ymd e depois dmy);

  • ponto coerido para character (quando presente);

  • lat/lon corrigidos quando normalize_coords = TRUE.

Parsed numeric candidates

c("ph","od","turbidez","dbo","coliformes","p_total","ptotal", "fosforo_total","temperatura","ec","condutividade","n_nitrato","n_nitrito", "amonia","nt_total","n_total","ntk","nkjeldahl","nitrogenio_total", "solidos_totais","solidos_suspensos","tds","conducao","qi","iqa","iet", "iet_carlson","iet_lamparelli","nsfwqi","vazao","lat","lon")

Valores censurados (ND/<LD/<LOQ)

O pacote implementa uma politica explicita para tratamento de valores censurados. Valores como "<0.01", "<LD", "<LOD", "<LOQ", "ND" sao detectados e tratados conforme a politica especificada em nd_policy. O padrao "ld2" usa metade do limite de deteccao (recomendacao conservadora).

See also

clean_units(), validate_wq(), conama_check(), iqa()

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
tmp <- tempfile(fileext = ".csv")
writeLines(
  c("ponto;data;ph;od;turbidez;lat;lon",
    "R1_01;2025-01-20;7,2;6,8;5,1;-163456789;-396543210",
    "R1_01;21/01/2025;7.1;7.0;4.8 mg/L;-16.3456789;-39.6543210"),
  tmp
)
x <- read_wq(tmp)
str(x)
} # }