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Trophic State Index (Carlson)

Source: R/iet.R
iet_carlson.Rd

Computa o indice trofico de Carlson (TSI/IET) a partir de profundidade de disco de Secchi, clorofila-a e fosforo total. Retorna componentes e o IET como media por linha dos componentes disponiveis.

Pode receber um data.frame como primeiro argumento (ver Detalhes).

Usage

iet_carlson(
  secchi = NULL,
  clorofila = NULL,
  tp = NULL,
  .keep_ids = FALSE,
  add_status = TRUE,
  locale = c("pt", "en"),
  ...
)

Arguments

secchi

Vetor numerico com profundidade de Secchi (m) ou um data.frame contendo colunas secchi (m), clorofila (ug/L) e tp (ug/L) ou p_total (mg/L). Se for data.frame, clorofila e tp devem ser NULL.

clorofila

Vetor numerico com clorofila-a (ug/L).

tp

Vetor numerico com fosforo total (ug/L).

.keep_ids

Logico; quando data.frame, vincula colunas de ID comuns (rio, ponto, data, lat, lon). Padrao FALSE.

add_status

Logico; se TRUE (padrao), adiciona a coluna TSI_status com a classificacao qualitativa (Carlson).

locale

Idioma de TSI_status: "pt" (padrao) ou "en".

...

Reservado para uso futuro (ignorado).

Value

Um data.frame com colunas (quando aplicavel):

  • TSI_Secchi — componente de Secchi (0-100).

  • TSI_Chla — componente de clorofila-a (0-100).

  • TSI_TP — componente de fosforo total (0-100).

  • IET — indice Carlson agregado (media por linha, 0-100).

  • TSI_status — classe qualitativa (quando add_status=TRUE).

Details

Formulas implementadas (Carlson 1977), com logaritmo natural:

  • TSI_Secchi = 60 - 14.41 * log(secchi)

  • TSI_Chla = 9.81 * log(clorofila) + 30.6

  • TSI_TP = 14.42 * log(tp) + 4.15

Os coeficientes derivam da definicao TSI = 10 (6 - log2 SD): 10 / ln 2 = 14,43. Ate a v0.10.0 o pacote usava log10, o que subestimava o indice (ex.: TP = 48 ug/L dava 28,4 em vez de 60).

Quando um data.frame e fornecido, strings com virgula decimal (ex.: "3,2") ou sinais de desigualdade (ex.: "<0,1") sao convertidas com seguranca. Se existir p_total (mg/L) em vez de tp (ug/L), e feita conversao interna (tp = p_total * 1000).

Os componentes e o IET final sao limitados ao intervalo [0, 100] para manter consistencia com as figuras e tabelas do pacote/artigo.

References

Carlson, R. E. (1977). A trophic state index for lakes. Limnology and Oceanography, 22(2), 361-369. doi:10.4319/lo.1977.22.2.0361

See also

iet_lamparelli(), iqa(), conama_check()

Examples

# Vetores
secchi <- c(1.2, 0.8, 0.4)        # m
clorofila <- c(5, 12, 30)         # ug/L
tp <- c(20, 40, 70)               # ug/L
iet_carlson(secchi = secchi, clorofila = clorofila, tp = tp)
#>   TSI_Secchi TSI_Chla   TSI_TP      IET TSI_status
#> 1   57.37275 46.38859 47.34846 50.36993  Eutrofico
#> 2   63.21550 54.97693 57.34364 58.51202  Eutrofico
#> 3   73.20375 63.96575 65.41330 67.52760  Eutrofico

# Data frame
# df <- data.frame(secchi = secchi, clorofila = clorofila, p_total = c(0.02, 0.04, 0.07))
# iet_carlson(df)                  # converte p_total -> tp (ug/L)
# iet_carlson(df, .keep_ids = TRUE)